Ob du für niederfrequente PWM anfällig bist oder nicht, musst du selbst testen. Welche Frequenz ist dabei eher irrelevant, denn wenn du Symptome dafür bemerkst, wirst du diese bis zu einer 1k+ Frequenz immer merken.
Meine unqualifizierte Meinung dazu ist, daß unter vielleicht 2 kHz für jeden nicht gut ist. Ob man es subjektiv wahrnimmt ist nicht so erheblich. Die harten Ecken der LED Pulse mit Flanken von wenigen ns sind nicht mit den CCFL Röhren mit einigen ms Nachleuchtzeit vergleichbar. Außerdem gibt es gar keinen Grund die LEDs so langsam zu takten außer ein paar Cent zu sparen. LEDs takten problemlos bis zig kHz.